以下是《土地权属争议调查处理办法》规定的土地权属争议的处理程序：
1、申请：当事人发生土地权属争议，经协商不能解决的，可以依法向县级以上或者乡级提出处理申请，也可以向有关的国土资源行政主管部门提出调查处理申请。当事人申请调查处理土地权属争议，应当提交书面申请书和有关证据材料，并按照被申请人数提交副本。
2、审查、受理
对申请人提出的土地权属争议调查处理的申请，国土资源行政主管部门应当依照规定进行审查，并在收到申请书之日起7个工作日内提出是否受理的意见。
认为应当受理的，在决定受理之日起5个工作日内将申请书副本发送被申请人。被申请人应当在接到申请书副本之日起30日内提交答辩书和有关证据材料。逾期不提交答辩书的，不影响案件的处理。
认为不应当受理的，应当及时拟定不予受理建议书，报同级作出不予受理决定。当事人对不予受理决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。
3、调查、调解
国土资源行政主管部门决定受理后，应及时指定承办人，对当事人争议的事实情况进行调查。
国土资源行政主管部门对受理的争议案件，应当在查清事实、分清权属关系的基础上先行调解，促使当事人以协商方式达成协议。调解应当坚持自愿、合法的原则。调解未达成协议的，国土资源行政主管理部门应当及时提出调查处理意见，报同级作出处理决定。
国土资源行政主管部门应当自受理土地权属争议之日起6个月内提出调查处理意见。因情况复杂，在规定时间内不能提出调查处理意见的，经该国土资源行政主管部门的主要负责人批准，可以适当延长。
国土资源行政主管部门在调查处理争议案件时，应当审查双方当事人提供的下列证据材料：
(一)颁发的确定土地权属的凭证;
(二)或者主管部门批准征用、划拨、出让土地或者以其他方式批准使用土地的文件;
(三)争议双方当事人依法达成的书面协议;
(四)或者司法机关处理争议的文件或者附图;
(五)其他有关证明文件。
4、下达处理决定
国土资源行政主管部门提出调查处理意见后，应当在5个工作日内报送同级，由下达处理决定。国土资源行政主管部门的调查处理意见在报同级的同时，抄报上一级国土资源行政主管部门。当事人对作出的处理决定不服的，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼。在规定的时间内，当事人既不申请行政复议，也不提起行政诉讼，处理决定即发生法律效力。生效的处理决定是土地登记的依据。
法律依据：
《土地权属争议调查处理办法》
第二条 本办法所称土地权属争议，是指土地所有权或者使用权归属争议。
第三条 调查处理土地权属争议，应当以法律、法规和土地管理规章为依据。从实际出发，尊重历史，面对现实。
第四条 县级以上国土资源行政主管部门负责土地权属争议案件(以下简称争议案件)的调查和调解工作；对需要依法作出处理决定的，拟定处理意见，报同级作出处理决定。
县级以上国土资源行政主管部门可以指定专门机构或者人员负责办理争议案件有关事宜。
